ตลาดหลักทรัพย์ฯ ใช้หลักการชำระบัญชีแบบยอดสุทธิในการชำระราคาและส่งมอบหุ้นที่ซื้อขายระหว่างบริษัทสมาชิก 

• สมาชิกที่มียอดซื้อสุทธิจะชำระเงินจำนวนดังกล่าว โดยส่งมอบเช็คเพียง 1 ใบ แก่บริษัทศูนย์รับฝากหลักทรัพย์ 
• สมาชิกที่มียอดขายสุทธิจะได้รับชำระเงินค่าหุ้นจากบริษัทศูนย์รับฝากหลักทรัพย์ด้วยเช็ค 1 ใบ ในการส่งมอบหุ้น บริษัทศูนย์รับฝากหลักทรัพย์จะหักจำนวนหุ้นในบัญชีฝากหุ้นของสมาชิกฝ่ายขายตามยอดขายสุทธิ และโอนหุ้นเข้าบัญชีฝากหุ้นของสมาชิกฝ่ายซื้อตามยอดซื้อสุทธิ